El máximo organismo de la Fundación Salvadoreña de Desarrollo y Vivienda Mínima para el año 2010 es la Asamblea General de Socios. Ella nombra la Junta Directiva, que está integrada por 9 miembros - 7 propietarios y 2 suplentes - y tiene la función de aprobar y orientar las políticas institucionales y administrar a FUNDASAL a partir de las decisiones de la Asamblea General. La administración directa es competencia del Director Ejecutivo y Sub Directora Ejecutiva, quienes ponen en práctica y ejecutan las directrices de la Junta Directiva. FUNDASAL cuenta actualmente con las siguientes instancia de carácter operativo: Departamento de Construcción, Departamento de Promoción Social, Departamento Administrativo y el Departamento Financiero; 6 unidades asesoras y de apoyo: Unidad de Planificación y Estudios (UPE), Unidad de Proyección y Comunicación Institucional, Unidad Jurídica, Unidad de Auditoría Interna, Unidad de Informatica y Unidad de Proyectos Económicos (UPRODE). Los departamentos integran varias secciones específicas de trabajo. El total de empleados y empledas asciende a un total de 141.